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和諧共存原理：在生態修復系統中，由于循環和再生的需要，各種修復植物與微生物種群之間、各種修復植物與動物種群之間、各種修復植物之間、各種微生物之間和生物與處理系 統環境之間相互作用，和諧共存，修復植物給根系微生物提供生態位和適宜的營養條件，促進一些具有降解功能微生物的生長和繁殖，促使污染物中植物不能直接利用的那部分污染物轉化或降解為植物可利用的成分，反過來又促進植物的生長和發育。整體優化原理：生態修復技術涉及點源控制、污染物阻隔、預處理工程、修復生物選擇和修復后土壤及水的再利用等基本過程，它們環環相扣，相互不可缺少。因此，必須把生態修復系統看成是一個整體，對這些基本過程進行優化，從而達到充分發揮修復系統對污染物的凈化功能和對水、肥資源的有效利用。 ┃

區域分異原理：不同的地理區域，甚至同一地理區域的不同地段，由于氣溫、地質條件、土壤類型、水文過程以及植物、動物和微生物種群差異很大，導致污染物質在遷移、轉化和降 解等生態行為上具有明顯的區域分異。在生態修復系統設計時，必須有區別地進行工藝與修復生物選擇及結構配置和運行管理。（2）影響因素多而復雜生態修復主要是通過微生物和植物等的生命活動來完成的，影響生物生活的各種因素也將成為影響生態修復的重要因素，因此，生態修復也具有影響因素多而復雜的特點。（3）多學科交叉生態修復的順利施行，需要生態學、物理學、化學、植物學、微生物學、分子生物學、栽培學和環境工程等多學科的參與，因此，多學科交叉也是生態修復的特點。

植物修復：是生態修復的基本形式，在污染環境治理中，從形式上來看，似乎主要是植物在起作用，但實際上在植物修復過程中．往往是植物、根系分泌物、根際圈微生物、根際圈土壤物理和化學因素(這些因素可以部分人為調控)等在共同起作用。總的來看，植物修復幾乎包括了生態修復的所有機制，是生態修復的基本形式。生態修復的理論基礎編輯生態修復的對象是生態系統，因此，需要了解生態系統的一些基本屬性，如生態系統的結構與功能、物理化學環境、生態系統中動植物群落的演替規律，需要了解生態系統的優勢物種或旗艦物種，還需要認識生態穩定性、生態可塑性以及生態系統的穩態轉化等。只有這樣才能確定生態修復的目標，才能制定有效的生態修復措施與技術組合。