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果膠酶是指分解植物主要成分—果膠質的酶類。果膠酶廣泛分布于高等植物和微生物中，根據其作用底物的不同。又可分為三類。其中兩類（果膠酯酶和聚半乳糖醛酸酶）存在于高等植物和微生物中，還有一類（果膠裂解酶）存在于微生物，特別是某些感染植物的致病微生物中。

果膠酶包括兩類，一類能催化果膠解聚，另一類能催化果膠分子中的酯水解。其中催化果膠物質解聚的酶分為作用于果膠的酶（聚甲基半乳糖、醛酸酶、醛酸裂解酶或者果膠裂解酶）和作用于果膠酸的酶（聚半乳糖醛酸酶、聚半乳糖醛酸裂解酶或者果膠酸裂解酶）。

果膠酶是水果加工中最重要的酶，應用果膠酶處理破碎果實，可加速果汁過濾，促進澄清等。應用其他的酶與果膠酶共同使用，其效果更加明顯，如秦藍等采用果膠酶和纖維素酶的復合酶系制取南瓜汁，大大提高了南瓜的出汁率和南瓜汁的穩定性。并通過掃描電子顯微鏡觀察南瓜果肉細胞的超微結構，顯示出單一果膠酶制劑或纖維素酶制劑對南瓜果肉細胞壁的破壞作用遠不如復合酶系。又如張倩等提出了一種新型果蔬加工酶—粥化酶（含有果膠酶、纖維素酶、半纖維素酶及蛋白酶等），可提高果蔬果汁的出汁率，增加澄清度，在果蔬加工中有廣闊的應用前景

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