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木瓜蛋白酶（Papain），又稱木瓜酶，是一種蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜（Carieapapaya）中含有的一種低特異性蛋白水解酶，廣泛地存在于番木瓜的根、莖、葉和果實內，其中在未成熟的乳汁中含量最豐富。木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸，屬于巰基蛋白酶，它具有酶活高、熱穩定性好、天然衛生等特點，因此在食品、醫藥、飼料、日化、皮革及紡織等行業得到廣泛應用。

木瓜蛋白酶廣泛用于肉類嫩化，也可作為啤酒的澄清劑使用。我國規定可用于餅干、肉禽制品水解和動、植物蛋白，按生產需要適量使用。

木瓜蛋白酶能夠將纖維蛋白酶原成為纖維蛋白溶酶。它只作用于壞死組織，溶解病灶內的纖維蛋白、血凝塊和壞死物質。清潔創面，助長新生肉芽，促進排膿排液。加速。木瓜蛋白酶常用于水腫，炎癥以及驅蟲（線蟲）等疾病。但是用藥后有輕度皮膚炎和局部出血、疼痛感。反復使用可引起過敏反應。嚴重肝腎病患者慎用，血凝機能不全及全身感染病人忌用，忌同抗凝劑配伍。

（1）面包、蛋糕、面條類、通心面、提高原材料利用率，改善口感和風味。用量0.05。
（2）水產糜狀制品、罐頭食品、紫菜干等，強化組織，保持新鮮味，增強味感
（3）調味醬、番茄沙司、蛋黃醬、果醬、稀奶油、醬油，增稠劑及穩定劑。
（4）果汁、酒類等，分散劑。
（5）冰淇淋、卡拉蜜爾糖，改善味感及穩定性。