在食品加工中直接著色不多，主要用于與天然的黃色素如梔子黃色素、紅花黃色素等配伍，調配出不同色澤的綠色素，與提取的葉綠素相比，用梔子藍色素調配的綠色素色調可以控制、耐酸性好，可用于偏酸性的食品、飲料中。另外梔子藍色素還可與各種天然的紅色素配伍，調配出不同色調的紫色。因此梔子藍色素在食品加工中有較廣闊的應用范圍。

梔子藍色素廣泛用于硬糖、果膠、瓊脂、布丁、馬希馬洛糖、餅干、松蛋糕、蛋糕預制粉、稀奶油、冰淇淋、乳制品、蔬菜、青豆等罐頭、飲料、果汁等的著色，為藍色著色劑。

梔子藍色素因加工工藝的不同，可獲得不同色調的藍色素，顏色從天藍色到海藍色，還有耐酸性和不耐酸的品種，適合于不同的應用環境。

天然的藍色素自然界中是很少有的，梔子藍色素是其中的一種，與合成色素食用亮藍、靛藍相比，其來源天然、人體相容性好，安全性高。是一種值得大力推廣的天然色素。

梔子藍色素在食品、飲料、化妝品中的添加成本并不高，使用量為0.005%-0.01%之間