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纖維素酶在食品行業和環境行業均有廣泛應用。在進行酒精發酵時，纖維素酶的添加可以增加原料的利用率，并對酒質有所提升。

由于纖維素酶難以提純，實際應用時一般還含有半纖維素酶和其他相關的酶，如淀粉酶(amylase)、蛋白酶(Protease)等。纖維素酶種類繁多，來源很廣。不同來源的纖維素酶其結構和功能相差很大。由于真菌纖維素酶產量高、活性大，故在畜牧業和飼料工業中應用的纖維素酶主要是真菌纖維素酶。

常見的畜禽飼料如谷物、豆類、麥類及加工副產品等都含有大量的纖維素。