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木瓜蛋白酶是一種運用很廣泛的植物蛋白酶，，安全無，在食品加工業中應用廣泛。木瓜蛋白酶能使食品的蛋白質水解成小分子肽或。可制成嫩肉粉、酒類澄清劑、餅干松化劑、面條穩定劑、口服液、食品。木瓜蛋白酶能有效地提高蛋白質的利用率，降低生產成本，并能提高食品營養。

蛋白酶制劑活力的檢測：
酶活性的測定在酶制劑產品的質量檢驗方面是必不可少的，酶活力是評價酶制劑產品性能的其中一個重要指標。溫度、pH、反應時間和底物是影響酶制劑活力測 定中主要的定義要素;而酶液的稀釋度、標準曲線、緩沖溶液的離子強度是影響酶制劑活力測定的非定義要素。此外，酶活性的測定過程中還會受到一些細節問題 的影響，操作細節如酶制劑研磨溶解問題，離心速度、搖勻力度和次數、抽提時間、移液器的正確使用及玻璃器皿的清潔度等。特別是在對一些性質不穩定的酶制劑 進行檢測時，這些細節問題的疏忽往往會對結果產生較大的影響。由于酶制劑活力的測定步驟較復雜，各生產廠家的對酶活的定義、測定方法、底物和反應條件不統 一，使得不同企業生產的同一種產品缺乏可比性，同一產品的酶活力出現很大差異，給用戶在選購和使用時造成諸多不便，難于客觀評價產品的好壞。
在蛋白酶制劑活性檢測過程中, 不但要注意影響酶制劑活性測定的主要因素, 正確把握各影響因素的關鍵點, 對于一些其它的細小影響因素也同樣要關注, 盡量把酶制劑檢測過程中每一個要點和步驟做好，在比較不同廠家來源的同一種酶制粒的活性高低時，要在定義一致的情況下進行。

木瓜酶在面團中水解肽鍵除了能起上述作用外，還能使餅干制作節省糖油。這是因為面團中的蛋白分子相當大，油脂和糖分子相對較小，在打面團過程中油脂和糖分子蛋白質分子內部，通過分子間的作用，將蛋白質大分子撐松。木瓜酶水解肽鍵，使吸納于蛋白質分子中的油脂和糖浮上表面，讓人感覺餅面較油潤，味較甜， 即使少下一點油糖持原有的感官較果。這樣做不但符合要求，而且還可延長保質期和貨架壽命，降低成本，增強市場競爭能力。

木瓜蛋白酶用于烘焙類產品：
?餅干松化劑，先將本品按400~1000U/g面粉的比例分散到水中再按比例加入面粉，在混攪、揉搓和發酵過程中可適度降解面筋蛋白，增加呈味多肽和，改善面筋蛋白的結構，降低面團的筋度，使產品酥脆可口。
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