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木瓜蛋白酶在焙烤食品中的應用：將木瓜蛋白酶加入生面團中，可使面筋降解，生面團被軟化后易于加工，并能提高餅干與面包的口感與品質。

飼用酶制劑耐溫性的評測：
耐高溫性能是限制酶制劑在飼料中應用的一個瓶頸因素。目前，我國大部分肉雞料、部分豬料均采用制粒工藝。制粒溫度在75-85℃，部分高于85℃。濕熱 法和水浴法是實驗室評測酶制劑熱穩定性的常用方法。水浴法在評測菌株發酵生產的裸酶(如發酵液或高純度酶制品)的耐熱性上有一定的優勢，而對于經后加工或 包被處理的酶制劑成品，并不是特別適用。另外，水浴法中所選用的酶液稀釋濃度、水浴溫度、處理時間、酶液插入水面的深度等均會對實驗結果產生較大影響。濕 熱法是在模擬飼料制粒的調制過程和加工參數的基礎上，設定了一定的溫度、濕度和時間梯度來評測酶制劑經過處理后的酶活存留，因此，該方法比水浴法更接近于 飼料制粒的真實過程，并且也更適用于飼用成品酶制劑的耐熱性評測。特別是對于應用廣泛的固體酶制劑，濕熱法能夠更簡單、快捷和準確的評估其耐熱性能。
除了以上兩種實驗室評測方法外，進行現場的制粒試驗是評測飼用酶制劑耐溫性能有段。由于不同飼料廠，其飼料配方、添加酶制劑的劑量、制粒加工參 數、制粒設備及取樣手段等存在較大差異，再加上目前并未有真正的有效檢測飼料中酶制劑活力的方法，因此通過制粒試驗很難保證對酶制劑產品耐熱性能評價的重 復性、有效性和準確性。當開展現場制粒試驗時，樣品采集的時機把握很關鍵。
在 酶活分析之前，必須要從飼料中提取有效酶活。不管樣品是否粉碎，分析酶活都不可能在干樣中進行。從飼料中提取有效酶活的常見手段是液相萃取，即向飼料樣品 中加入特定的緩沖液，震蕩一段時間后使酶溶解在緩沖液中。這一過程萃取的不徹底會導致酶活的損失，或是酶不能完全溶解會導致測定的酶活較低，會直接影響酶 活的存留。所以這一過程要對萃取條件(如震蕩強度、時間、萃取液的組成和 pH等)進行嚴格控制。

木瓜蛋白酶在啤酒釀造中的應用：應用于啤酒釀造工藝流程中能降低麥芽用量，提高麥汁氨基氮（提供酵母生產氮源），促進發酵雙乙酰的降解，使啤酒澄清防凍、阻止冷藏過程中啤酒冷濁形成，效果顯著。

木瓜酶在面團中水解肽鍵除了能起上述作用外，還能使餅干制作節省糖油。這是因為面團中的蛋白分子相當大，油脂和糖分子相對較小，在打面團過程中油脂和糖分子蛋白質分子內部，通過分子間的作用，將蛋白質大分子撐松。木瓜酶水解肽鍵，使吸納于蛋白質分子中的油脂和糖浮上表面，讓人感覺餅面較油潤，味較甜， 即使少下一點油糖持原有的感官較果。這樣做不但符合要求，而且還可延長保質期和貨架壽命，降低成本，增強市場競爭能力。
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